La mayoría tienen un sistema antifraude.

Eso sí, respecto a la recuperación tendrás que moverte un poco para conseguirlo (denuncias etc)

Es preferible pagar con portales como Paypal, ya que te garantizan el reembolso en caso de estafa u otras incidencias que contemplan.

Pero bueno, si es una empresa seria y tal... no debe haber problema

No exactamente. En Ebay es mas seguro pagar a través de Paypal, independientemente que la fuente del pago sea una Visa, una Master Card o una cuenta corriente.

Si pagas solo con Visa, solo tienes la protección que pueda darte tu banco o el emisor de la tarjeta, nada mas.