Hola alexzgz.

El valor para aduanas es el de la mercancia, mas el transporte, mas el del seguro (si este existiera y viniera reflejado en la factura. Es decir el valor CIF (Costo, seguro y flete).
Las comisiones pagadas a entindades financieras, etc. no se contemplan a la hora de la liquidacion del impuesto.
Por tanto es indiferente si pagas por bidpay, paypal, transferencia bancaria o de cualquier otro modo.
espero haberte ayudado.
Saludos.