Es cierto que no se puede cobrar más por usar una forma de pago u otra.

Si yo les dijera a mis clientes que por pagarme con tarjeta les cobro un 4% más mi banco automáticamente me retira el contrato de la TPV

Lo que sí es perfectamente legal y lo hacen muchísimas empresas es ofrecer un 2% de descuento en pagos por transferencia, es una práctica habitual, legal, totalmente reconocida y efectivamente me he revisado la normativa de eBay y no dice nada de que no se pueda hacer.

Vamos, prohibir hacer descuentos según la forma de pago sería ya demasiado, y seguramente ilegal porque el medio de pago lo determina el vendedor, no la plataforma EBAY ES SOLO UN SITIO DE ENCUENTRO, O NO ???. En el momento que se meta en la venta ya no es solo un sitio de encuentro sino que es parte en la venta, y como parte debería asumir su responsabilidad en la misma.
Si eBay quiere asumir responsabilidad en la venta adelante... Esta empresa quiere crecer muy rápido y va dejando agujeros tras de sí.