Estimado amigo.

El IVA de ebay jamás es deducible ya que es un IVA que te están cobrando desde otro pais y este tipo de IVA jamás puede deducirse.

Lo que tienes que hacer es darte de alta como operador intracomunitario e informar a ebay de ello. Una vez que lo comprueben dejaran de facturarte el IVA y ya no tendrás que pagarlo y por tanto tampoco deducirlo