Aclarar como veo por ahi, que tu decias que ya tenias tu numero de IVA intracomunitario lo cual es lo mismo que ser operador intracomunitario

Para Canarias esto funciona igual, a pesar de tener un regimen especial el IVA de otros paises si el proveedor, sea ebay o cualquier otro, admite a hacerte una factura con IVA nulo con registro de ebay intracomunitario

Tu declaras tu IVA en Canarias no ante la hacienda española, pero por lo demas, para compras intracomunitarias es lo mismo, pero tu que ya dispones de tu numero de IVA pasaselo a ebay y a cualquier proveedor que tengas en Europa si quiere incluirtelo en facturas

Sino el IVA pagado en otros paises es parte del coste de la compra SIEMPRE