Puede ser otro cosa... a mi me ha pasado que un pago si esta realizado en paypal pero no se refleja en ebay y me he enterado cuando me ponen la disputa por no recivido, puede ser ese el caso

Puede ser eso, pero entonces el comprador si que ha pagado, y si le devuelves el dinero no lo pierdes, porque le devuelves el suyo, ni siquiera pierdes la comisión de paypal.

Y en esos casos, automáticamente ebay tendría que devolver la comisión de la venta.