Hola, a mi me sucedio algo similiar a lo que comentas, con la exencion del iva, por ser empresa, comentarte que efectivamente tienes que dar la empresa de alta con caracter interancional dentro de la UE y eso vale tiempo y dinero, por lo que desestime la dicha opcion, en mi gestoria, nunca me han puesto problemas, ni he recibido notificacion alguna de hacienda, por desgrabar las facturas de eBay. Aunque la empresa tenga sede en suiza, ejerce un servicio en españa, por lo que esta obligada a repercutir en sus tarifas de servicio el correspondiente IVA de el pais en el que ofrezca dichos servicios. Te recomiendo que insistas en tu gestoria o que pidas una segunda opinion en otra que ofrezca servicios fiscales internacionales, para que te resuelvan definitivamente tu duda. Saludos.