Hola,

Por lo que comentas, es posible que el IVA haya sido cobrado correctamente, si el vendedor ha relaizado el mencionado envío pasando por aduana.

Normalmente, si realizas compras a vendedores nacionales , podras evitar el pago de aduanas si los productos ya se encuentran dentro del territorio nacional por lo que no tienen que pasar por el proceso de aduanas, salvo envíos a Canarias y las ciudades de Ceuta y Melilla).

Recuerda también que si se trata de IVA duplicado, podrás aportar  el justificante en esta página 

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Álvaro