Vemos si puedo serte de ayuda yo, fui registrado como empresa, una vez:

ahora me encuentro que en la web de ebay cuando configuras la tienda pide el nif-iva para que te hagan las facturas de las comisiones sin iva. No entiendo muy bien para que sin iva

Porque una empresa con sede fiscal en el extranjero, no puede aplicar el IVA de tu país.

tendre de hacer algun modelo cada mes como operaciones intercomunitarias?

SI

Y pagar el iva que no me han cobrado?

SI

Puedo no poner el nif iva en la web y que me hagan las facturas con iva?

SI puedes, pero seguirán haciéndote factura sin IVA, porque eBay no tiene sede fiscal en España.

Pero quizás de los tiempos que yo fui empresa algo ha sido cambiado, otros seguro que te darán noticias más actuales.