Hola Servovendi.
Nosotros en tu caso eliminaríamos categorías porque pueden llevar a la confusión de tu potencial cliente.
Yo creo que cuando una categoría ocupa más de dos pantallas en los listados es cuando hay que pensar en dividirla, pero si de 1300 artículos ocupas 300 categorías, te sale la categoría a cinco artículos, eso seguramente sea engorroso para publicar vosotros y tu cliente tal vez no lo utilice.
Pero bueno, con más de 10 mil ventas a tus espaldas... es normal que nuestra opinión no te sea la válida.
;-) Suerte...