Para empezar, por motivos de seguridad, no es recomendable tener la misma dirección email en PayPal y en Ebay. Dudo mucho que necesites tener el mismo email para los dos servicios.
Los cupones de descuento de Ebay no se otorgan a un email, se otorgan a una cuenta Ebay específica. La cuenta PayPal con la que pagues es independiente de tu cuenta Ebay, con lo que no se relaciona con el cupón de ningun modo. Con lo cual el email de Ebay y el de PayPal es irrelevante para los cupones de descuento.
De igual modo los descuentos en cuentas PayPal no se otorgan a un email vinculado, si no a la cuenta PayPal.
Una cuenta PayPal tiene una dirección email principal, que es la que importa, y puede tener hasta cinco emails mas secundarios.
Un cambio en las direcciones de email no deberían afectar a las tarjetas de crédito o cuentas vinculadas. Siempre que se hayan verificado todos los cambios posteriores, como vincular una cuenta email o cambiarla.
Esto es el foro de Ebay España y como tu problema es con PayPal es a ellos a los que deberías preguntar directamente en su centro de ayuda, enlace que puedes encontrar en la web de ese servicio en la parte de abajo.