Si, suele pasar, no muy a menudo, pero de vez en cuando ocurre. Una cosa son los costes de enviarlo y otra son los gastos de gestión de aranceles.
Una cosa es lo que pagas al vendedor por el artículo, otra es lo que te cobra para que pueda mandartelo. Pero lo que te cobre Correos por gestionarlo en Canarias es diferente, el vendedor o eBay no intervienen en eso. Deberás preguntar a Correos porque te han cobrado esos seis euros.