Hola marco_mj,
No hay problema y es sencillo de solucionar esto, sigue estos pasos:
1- Reembolsas el importe que te haya pagado ese comprador a través de tu cuenta de Paypal. La comisión de 0,35€ que te cobra Paypal es inrecuperable, son sus comisiones.
2- Tu como vendedor puedes cancelar esa puja de ese comprador (simplemente vas a esa puja y la cancelas. Y en el caso de que hubiese más pujadores se lo puedes vender al siguiente que te haya pujado.
3- Te pones en contacto con eBay y les explicas el caso (adjuntando Nº Exclusivo de Reembolso de Paypal). Este paso es debido a que por un lado que tengan constancia de lo sucedido y por otro lado en el caso de que no tengas más pujadores en esta subasta y haya sido pagado para que te devuelvan las comisiones de venta por eBay.
Más Información al respecto: http://pages.ebay.es/help/buy/questions/retract-bid.html
Si está en puja NO HA PAGADO, pues dile que puede anular la puja y listo, que se informe. Si no la anula y termina ganador le envías una cancelación y que la acepte. 3BETA, léete otra vez la consulta;)
Más facil que decirle que se informe es cancelársela y arreglado, a ver si mientras contesta, el comprador lo lee y se informa se pasa el plazo y luego es más lío.
Si el vendedor va retirando pujas, a la larga le puede dar problemas, lo mínimo que puede hacer el pujadores es solucionar su propio error. Entrar en la ayuda y buscar "retirar puja".
La he leido:
Este es el vendedor, donde en el anuncio especifica "para desguace".
Un comprador le puja, dicho comprador le dice al vendedor que pensaba que era nuevo o en buen estado, le solicita al vendedor que cancele la puja.
Las respuestas que pueda yo dar van en referencia a las consultas que escriben, en donde mi respuesta ha sido respondida hacia la consulta.
Donde dice que la puja sigue activa?
(A los 5 días le solicita la cancelación)
Es normal que hayas pensado que ya había terminado, y que el vendedor usaba lenguaje equívoco, como vemos tantas veces en este foro (eso cuando no es el caso de no dar ninguna información directamente). Al decir que le elimine la puja, pero que han pasado 5 días, es normal pensar que quiere decir *elimine/cancele la compra*. Ya sabemos además lo reacios que son algunos compradores a reconocer que han comprado (y que por lo tanto tienen que pagar) 
Pienso que mientras el vendedor no especifique más, todas las opciones que respondéis son acertadas. Yo al leerlo he pensado como tú 3beta, que es una cancelación de compra. En fins que hay que andar a ciegas muchas veces, demasiado es si se responde con sentido.
