Hola!
Yo hace un tiempo me di de alta como autónoma, y tengo los conceptos mas o menos claros.
En primer lugar tienes que diferenciar temas: Por un lado esta el IVA y por otro lado el IRPF.
En el tema IVA, estas obligada a coger el recargo de equivalencia. Todos los comercios tienen que tributar en ese régimen salvo excepciones muy específicas (como un estanco). Estate al loro de esto, que a mi me lo hicieron mal y luego tuve que dar vueltas. Hacienda se lava las manos y además como te descuides te pega un plumazo guapo. Este régimen significa que no tienes que hacer declaración de IVA, te olvidas de ello, pero a cambio tienes que pagar a tus proveedores el 4% de recargo (ellos se lo pagan a hacienda en concepto de IVA por tí). Esto no tiene más vueltas.
En tema IRPF sí que puedes elegir, pero mucho cuidado. Lo que más te interesa depende siempre de lo que vayas a facturar y de tus beneficios. La opción será, la estimación indirecta (módulos) o la estimación directa simplificada. En la primera pagas una cantidad fija, no haces declaración, si pierdes dinero pagas igual que si ganas millones. La estimación directa, tienes que hacer declaración de IRPF trimestral y pagas el 20% de tus beneficios. Yo tengo un negocio pequeño y me cogí la última, de momento la primera declaración que he hecho me salió deficitaria (por las inversiones iniciales y demás), asi que no pagué ni un duro (si hubiese pillado la otra ya habría palmado 3 meses). Me he repartido las inversiones de forma que esta que tengo que hacver ahora se tb deficitaria y no pague. COn eso me he ahorrado un buen dinero. El problema es que si renuncias a la indirecta, tienes que estar 3 AÑOS, sin poder cogerla (eso yo no lo sabía, sino me lo hubiese pensado más).
Bueno ese es el tema.....